La elaboración de un facsímil culmina, al igual que en los códices originales, con la encuadernación.

Si bien a lo largo de este laborioso proceso los últimos avances tecnológicos van de la mano con procedimientos artesanos, cuando se afronta esta última fase, el trabajo artesanal se convierte en el gran protagonista.

En primer lugar, se lleva a cabo el cosido de los cuadernos. Para ello, se utiliza cáñamo, hilo de seda o, a veces, pequeñas correas de pergamino. El cosido se realiza sobre nervios de cuero o de cuerda; el artesano se ayuda de un bastidor, telar o prensa de coser. A continuación, se pasa a coser la cabezada, siempre respetando el patrón decorativo del códice original.

 La elección de un material u otro siempre dependerá del que se haya utilizado en el  manuscrito al que se quiere emular; cabe señalar que ésta será la tónica general  que acompañará a todas y cada una de las etapas de la encuadernación a mano. 

La siguiente fase consiste en la incorporación de dos tapas que son fijadas al libro. Las tapas suelen ser de madera o de cartón. En la mayoría de los casos se forran de piel, pergamino, terciopelo o tela. En esta operación, el encuadernador se encuentra con una dificultad añadida: conseguir la tonalidad que presenta la encuadernación genuina. Para conseguirlo,  a veces se recurre a tintes de varios colores o a la fabricación exclusiva de las telas  que se utilizarán para este fin. En el caso de ser piel el material con el que se recubren las tapas, su estampación se realiza utilizando la técnica del gofrado, los moldes se aplican calientes y en seco y su dificultad radica en conseguir el volumen y la profundidad adecuados.

Por último, se colocan los broches, los herrajes protectores, las esquineras y los bullones.  En la mayoría de los casos son de bronce.  El encuadernador recurre a un artesano del metal  para que elabore estos accesorios.

Como se puede observar,  las técnicas utilizadas para llevar a cabo  estas encuadernaciones a mano no difieren de las empleadas por los encuadernadores medievales. Las ediciones facsímiles aportan su granito de arena en la conservación de este ancestral oficio que, lamentablemente, está en vías de extinción.

La meticulosidad y el rigor, que acompañan a cada una de las fases de las encuadernaciones a mano, convierten a estos ejemplares en únicos e irrepetibles, pues en cada uno de ellos el artesano ha plasmado todo su arte.